Fibromiyalji’nin nedeni kesin olarak bilinmemekle birlikte, beyin ve çevre sinirleri arasındaki iletimde görevli bazı kimyasal maddelerde (serotonin ve serotonini oluşturan öncü madde-prekursor-olan triptofan) eksiklik veya bozukluk olduğu söylenmektedir. Serotonin, insanda dinlendirici özelliğe sahip olup uykunun gerçekleşmesi ve ağrılı uyaranın algılanmasında rol oynayan önemli bir iletkendir.